Carlos I tuvo muchas guerras, por la defensa imperial y el catolicismo:
- La batalla de Pavía: (1525-1544) Fue la guerra contra Francia para dilucidar la hegemonía europea, el descubrimiento y colonozación de territorios en el Nuevo Mundo. Las tropas francesas estaban al mando del señor de Bonnivet, Almirante de Francia, penetraron en Italia, con un ejército de 20.000 hombres. Bonnivet era el mejor amigo del Rey (Francisco I). Por España combatía Prospero Colonna, con 9.000 hombres, los refuerzos (15.000 alnsquenetes alemanes) y 6.000 hombres del Borbón. Colonna murío y fue sustituido por el Virrey de Nápoles (Carlos de Lannoy). Francisco I venció a Carlos. La batalla desembocó con el Tratado de Madrid (1526).
- La batalla contra los turcos: (1529-1541) En 1529, el Sultán comenzó una segunda invasión, llegando a Viena. En 1532, el Emperador acudió personalmente en defensa de Viena, y los turcos tuvieron que retirarse a Buda, desde donde siguieron amezando Hungría y Austría. Carlos I manifestó que solo dependia a defense la capital de Danubio. Los turcos suponían un serio peligro para el control del mediterráneo y para el pacífico, el desarollo del comercio en el interior de sus aguas. Por ese motivo, las tropas de Carlos I tronaron a Túnez en 1535.
- Conflictos de los príncipes alemanes: En Alemania la causa del protestantismo se desarrollo con fuerza. A partir de 1530, fecha en la que el Papa Clemente VII, coronó a Carlos V como Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico. El enfrentamiento con los príncipes alemanes convertidos al protestantismo resultó inevitable. Carlos I intentó solucionar el problema por la fuerza de armas, logrando incialmente un gran triunfo de Mühlberg en 1547, sobre la Liga de Esmalcalda, formando por los príncipes protestantes. El Emperador estuvo obligado a reconocer al protestantismo germánico, Paz religioso de Ausburg en 1555.